江戸幕府を開いた徳川家康は、朱印船貿易を奨励して海外との交流を積極的に行っていました。しかし、時が経つにつれて幕府は方針を大きく転換させます。貿易を通じてヨーロッパの強大な軍事力や、キリスト教の教えが日本に入り込んでくることを恐れ始めたのです。「このままでは、キリスト教徒が団結して幕府を倒そうとするかもしれない」。第3代将軍・徳川家光（とくがわいえみつ）の時代になると、幕府は外国との関係を厳しく制限する方向に動き出しました。
幕府が最も警戒したのはキリスト教でした。キリスト教は「神の前に人は皆平等である」と教えます。これは、将軍や武士を頂点とする厳しい身分制度（士農工商）で国を治めようとする幕府にとって、非常に都合の悪い教えでした。実際に、キリスト教徒の団結力は強く、九州地方などでは武士の命令よりも神父の教えを優先する人々が増えていました。幕府は、この宗教の広がりがやがて国を乗っ取る大きな反乱に繋がると本気で恐れていたのです。
海外渡航を制限した理由には、もう一つの大きな狙いがありました。それは「貿易による莫大な利益を幕府が独り占めすること」です。当時、西日本の有力な大名たちは、独自に外国と貿易をして大きな富と最新の武器を手に入れていました。幕府は「大名たちがこれ以上お金や武器を持てば、いずれ幕府に牙を剥くかもしれない」と警戒しました。大名から貿易の権利を奪い、幕府だけが海外と取引できるシステムを構築しようと計画したのです。
このような背景から、1635年（寛永12年）に幕府は「第3次鎖国令」という非常に厳しい法律を発布します。これは、老中（幕府のトップ役人）から長崎の奉行（現地の責任者）に向けて出された命令書でした。これ以前にもキリスト教の禁止や外国船の制限などは出されていましたが、この1635年の法令は、日本人の行動を根本から縛り付ける、それまでとは次元の違う極めて厳格で決定的な内容を含んでいました。
法令の最大のポイントは「日本人が海外へ行くことを完全に禁止する」というルールです。それまで許可証（朱印状）をもらって海外で商売をしていた朱印船貿易も、この法令によって完全にストップさせられました。もし命令を破ってこっそり海外へ行こうとした者は、見つかれば即座に死刑という非常に重い罰が下されました。島国である日本から、人々が船で外の世界へ飛び出す自由が、この日を境に完全に奪われてしまったのです。
さらに残酷だったのは、「すでに海外に住んでいる日本人が、日本へ帰国することも死刑にする」という掟です。当時、東南アジア各地には、貿易のために海を渡った日本人が作った日本町（にほんまち）というコミュニティがたくさんありました。商売の都合でたまたま海外にいた人たちも、この法律ができた瞬間に「もう二度と故郷の土を踏めない」という絶望的な宣告を突きつけられたのです。国が自国の国民を完全に見捨てた瞬間でした。
帰国を禁じられたことで、東南アジアの日本町は悲劇を迎えました。アユタヤ（タイ）やマニラなどに住んでいた何千人もの日本人は、幕府からの保護も支援も一切絶たれてしまいます。彼らは現地の争いに巻き込まれたり、風土病に倒れたりしながら、故郷の家族に会うこともできずに異国の地でひっそりと命を落としていきました。活気に満ちていた東南アジアの日本人コミュニティは、この法令を機に急速に衰退し、やがて歴史から姿を消していきました。
東南アジアに渡った日本人の中には、アユタヤ王朝で大活躍した山田長政（やまだながまさ）のように、現地の王様から高い位を与えられた優秀な武士たちもいました。彼らはサムライとしての高い戦闘力と忠誠心で現地の国づくりに貢献していましたが、日本の幕府との繋がりが完全に絶たれたことで孤立してしまいます。世界を股にかけて活躍できたはずの日本の優れた才能たちは、国を閉ざすという幕府の決断によって、その翼を永遠にもがれてしまったのです。
第3次鎖国令のもう一つの重要な点は、外国との窓口を絞り込んだことです。これまで比較的自由に日本の港に入ってきていた中国船やオランダ船などの外国船に対し、「今後は長崎の港以外に入港してはならない」と厳しく制限しました。長崎を幕府の直轄地（直接支配する土地）にし、そこでだけ貿易を許すことで、キリスト教の宣教師がこっそり日本に入国しないかを徹底的に監視する体制を整えたのです。
この法令によって「日本人は外に出ない」「外国船は長崎にしか入れない」という仕組みが確立しました。そしてこの後、1637年の島原・天草一揆でのキリスト教徒の反乱を経て、幕府はさらに警戒を強め、1639年にはポルトガル船の来航も完全に禁止します。1635年のこの法令は、幕府が約200年にわたって国を閉ざし、独自の平和と文化を築き上げる「鎖国」体制を完成させるための、歴史の決定的な契機となったのです。
