関白となった秀吉の次なるターゲットは九州でした。当時、九州では薩摩国（鹿児島県）の戦国大名・島津氏（しまづし）が破竹の勢いで領土を拡大し、九州全土をほぼ支配しようとしていました。島津軍は「釣り野伏せ」という恐ろしい戦法を使い、九州の他の大名たちを次々と打ち破る最強の戦闘集団でした。追い詰められた大友宗麟（おおともそうりん）などの大名たちは、天下人である秀吉に「どうか島津を止めてください！」と泣きついたのです。
天皇の代理人（関白）という絶対的な権威を手に入れていた豊臣秀吉は、全国の大名に対して「大名同士で勝手に領土を奪い合う戦争をしてはいけない」という惣無事令（そうぶじれい）を出していました。秀吉は島津氏にも「すぐに戦争をやめて領土を返しなさい」と命令します。しかし、九州統一まであと一歩だった島津氏は「農民出身の秀吉の命令なんか聞けるか！」とこれを完全に無視し、戦争を続行してしまいました。
命令を無視された秀吉は激怒し、「ならば力でねじ伏せる！」と自ら大軍を率いて九州へ出陣します。その数はなんと約20万人！当時の日本では考えられないほどのとてつもない大軍勢でした。秀吉は毛利氏や四国の長宗我部氏など、すでに降伏させていた大名たちも総動員し、陸と海から九州へ一気に押し寄せました。圧倒的な兵力と豊富な物資を使った「規格外の戦い方」を見せつけることで、島津氏の心をへし折ろうとしたのです。
どんなに戦に強い島津軍も、圧倒的な数の暴力と秀吉の緻密な戦略の前には手も足も出ず、次々と城を落とされていきました。ついに本拠地の薩摩国まで攻め込まれた島津氏の当主・島津義久（しまづよしひさ）は、頭を丸めて（出家して）秀吉の前に進み出て降伏します。しかし秀吉は、島津氏を滅ぼすことはせず、本領の薩摩などをそのまま治めることを許しました。「逆らえば恐ろしいが、従えば許す」というアメとムチで、大名たちを完全に服従させたのです。
この九州平定によって西日本を完全に支配した秀吉の「天下統一」は、残すところ関東の北条氏と東北地方の大名たちだけとなりました。また、この遠征の途中で長崎を訪れた秀吉は、キリスト教の宣教師が日本人の奴隷売買に関わっていることなどに激怒し、宣教師を国外へ追放するバテレン追放令（ばてれんついほうれい）を出しています。九州平定は、単なる戦争の勝利だけでなく、日本の外交や宗教政策を変える巨大な歴史のターニングポイントでした。
