この役所の歴史を理解するには、少し時計の針を戻す必要があります。1069年、藤原氏を外戚（母方の親戚）に持たない後三条天皇は、「藤原氏が私有地（荘園）を持ちすぎて、国の税金が減って困る！」と激怒し、延久の荘園整理令（えんきゅうのしょうえんせいりれい）という非常に厳しい法律を出しました。不正な土地は容赦なく没収するという、藤原氏の経済力に大打撃を与える本気の改革だったのです。
その厳しい整理令を実行するための専門の役所として、後三条天皇が朝廷内に新しく作ったのが記録荘園券契所（通称：記録所）でした。ここは、全国から提出された土地の権利書（券契）を細かくチェックし、少しでも書類に不備があれば「はい、没収！」と判定を下す恐ろしい審査機関でした。あの絶大な権力を誇る藤原氏でさえも、この記録所の厳しい審査の前には逆らうことができなかったのです。
しかし、後三条天皇が亡くなると、貴族たちは「あんな厳しい役所はもう嫌だ」と記録荘園券契所の活動を停止させてしまいます。厳しい監視の目がなくなったことで、全国の有力な貴族や大きなお寺・神社は、再びどんどん自分たちの荘園を増やし始めました。地方の農民たちも、税金逃れのために喜んで偉い人たちに土地を寄付したため、荘園は爆発的に増え、土地を巡るトラブルも日本中で多発するようになります。
時が流れ、1111年。政治のトップには、天皇を引退して「法皇」となった白河法皇（しらかわほうおう）が君臨していました。彼が行う院政（いんせい）は、天皇よりも引退した上皇（法皇）の命令が絶対とされる独裁政治です。白河法皇は、全国で多発する荘園のトラブルを見て、「この土地のトラブルを俺がさばいてやれば、貴族や寺社どもは俺に頭が上がらなくなるぞ」と、したたかに計算しました。
そこで白河法皇は、かつて後三条天皇が作ったあの記録荘園券契所を、1111年に再び復活（再興）させました。しかし、今回の目的は少し違いました。昔のように「不正な土地を没収して国のものにする（公領を増やす）」という厳しいチェック機関ではなく、「地方の役人（国司）と荘園の持ち主（貴族・寺社）との間の喧嘩を仲裁する（裁判をする）」という、一種の最高裁判所のような役割を持たせたのです。
当時の人々にとって、土地（荘園）は生きるための最大の財産です。その土地の所有権を決める裁判の権利を握るということは、人々の「命綱」を握るのと同じでした。白河法皇は、記録荘園券契所という役所を通じて「お前の荘園を認めてやる」「お前の訴えは退ける」と自由に判決を下すことで、自分に逆らえないように貴族や寺社を完全にコントロールしようとしたのです。裁判権を利用した権力強化の巧みな罠でした。
面白いことに、白河法皇自身も巨大な荘園をたくさん持っている大金持ちでした。そのため、この復活した記録所は「荘園を没収する」という本来の目的はすっかり忘れられ、逆に「上皇の許可を得た立派な荘園だから手出しするな」と、荘園制度そのものを公認し、手厚く保護する機関に成り下がってしまいました。結果として、日本の土地はどんどん貴族や寺社の私有地になっていくことになります。
この記録荘園券契所の再興により、政治の仕組みは非常に複雑になりました。本来の役所である「朝廷（天皇のグループ）」とは別に、「院庁（上皇のグループ）」が裁判権などの巨大な実権を握ってしまったからです。天皇と上皇という「二つの権力のトップ」が同時に存在し、それぞれが命令を出すというこの歪な構造は、のちの保元の乱（天皇派と上皇派の戦争）などの大きな内乱を引き起こす火種となっていきます。
また、荘園が公認されてどんどん増えていくと、その広大な土地を泥棒や敵から守るための「強い用心棒」が必要になりました。そこで地方の農民たちは武器を取り、貴族の荘園を守るために戦うようになります。これが、のちに日本を支配することになる「武士（ぶし）」たちのルーツの一つです。法皇が荘園のシステムを裁判で認めたことは、結果的に武士たちが力を蓄えるための絶好の環境を作り出してしまったのです。
1111年の記録荘園券契所の再興は、白河法皇の院政という独裁的なシステムが完全に完成したことを示す出来事でした。上皇が裁判権を握って貴族を従え、武士をボディーガード（北面の武士）として雇う。しかし、土地は一部の特権階級に独占され、真面目に働く農民たちの生活は苦しくなるばかりでした。この頂点だけが華やかな歪んだ社会の矛盾が、やがて武家政権誕生への巨大なうねりとなって爆発していくのです。
