1199年に鎌倉幕府を開いた源頼朝が急死すると、18歳の若さで長男の源頼家が2代将軍に就任しました。偉大すぎる父の跡を継いだ頼家を背後から強力に支えたのが、彼の乳母の家系であり、有力御家人であった比企能員（ひきよしかず）です。能員は自分の娘である若狭局を頼家の妻にし、長男の一幡が誕生したことで、将軍の親戚として幕府内で急速に発言力を強めていきました。これに対して、頼家の母の実家である北条氏は強い危機感を抱き始めます。
若い頼家が自分の側近ばかりを優遇して独裁的な政治を行おうとすると、周囲のベテラン御家人たちの不満が爆発しました。そこで頼家の母である北条政子やその父の北条時政らが中心となり、将軍が勝手に物事を決められないようにする十三人の合議制（じゅうさんにんのごうぎせい）という仕組みをスタートさせました。これにより頼家の政治権力は大きく制限され、頼家を担いで幕府の実権を握ろうとしていた比企能員と、北条氏との間の対立は激化していきました。
1203年夏、幕府を揺るがす大事件が起きます。2代将軍の頼家が突然の重病に倒れ、命も危うい危篤状態に陥ってしまったのです。まだ頼家が生きているにもかかわらず、幕府内部では早くも「次の将軍を誰にするか」という跡継ぎをめぐる熾烈な争いが始まりました。比企能員は頼家の子である一幡（いちまん）への単独継承を主張しますが、北条時政らは頼家の弟である千幡（のちの源実朝）を擁立しようと画策し、両者の間で激しい心理戦が展開されました。
北条時政らは、朝廷に対して「頼家が亡くなった」という嘘の報告を送り、千幡と一幡の二人で日本を東西に分割統治させる案を強引に進めようとしました。この理不尽な提案に比企能員は激怒します。「源家の正統な血を引く一幡様こそが唯一の将軍だ！北条の好きにはさせない！」。能員は病床の頼家のもとへ赴き、自分たちの権力を脅かす北条一族を武力で完全に排除するための秘密の計画を提案し、将軍から北条討伐の許可を取り付けたのです。
比企能員が頼家の病床の枕元で「北条を討ちましょう」と語りかけたその時、歴史の大きな分岐点となる出来事が起こります。頼家の母である北条政子が、障子の陰でこの密談をすべて盗み聞きしていたのです。驚愕した政子は、すぐさま実家である北条氏にこの危機を知らせました。「比企が我々を滅ぼそうとしている！」。報告を受けた北条時政は、比企能員に先手を打って罠を仕掛け、一族もろとも完全に抹殺するための冷酷な暗殺計画をスタートさせました。
1203年9月2日、北条時政は比企能員に対し、「頼家様の病気平癒を祈る仏事の話し合いをしたいので、私の屋敷へ来てほしい」と優しい言葉で招待状を送りました。能員の部下たちは「これは北条の罠です！絶対に行ってはなりません」と必死に引き止めました。しかし、能員は「時政が私をだますはずがない。それに、ここで逃げたら臆病者と思われる」と武士のプライドから警告を無視し、平服のままわずかな供を連れて時政の屋敷へと向かったのです。
北条時政の邸宅に到着した比企能員を待っていたのは、冷酷な死の罠でした。能員が屋敷の門をくぐって奥へ進んだ瞬間、周囲の物陰から武装した北条の刺客たちが一斉に飛びかかってきたのです。平服で武器を持っていなかった能員は、槍の達人たちに完全に組み伏せられ、抵抗する間もなくその場で無残に刺し殺されてしまいました。比企一族の絶対的なリーダーであった能員は、北条氏の緻密な謀略によって、戦う前にあっけなく暗殺されてしまったのです。
比企能員の暗殺と同時に、北条時政は大軍を率いて比企一族の本拠地である小御所（こごしょ）へと攻め込みました。総大将を失った比企一族の武士たちは、能員の息子たちを中心に、頼家の子である一幡を守るために小御所に立てこもり、決死の抵抗を開始しました。これが鎌倉の町を血で染めた小御所の戦い（こごしょのたたかい）です。しかし、周囲を完全に包囲した圧倒的な数を誇る北条軍の猛攻の前に、比企軍は次第に追い詰められていきました。
激しい戦闘の末、北条軍によって小御所に火が放たれました。燃え盛る炎の中で、比企一族の武士たちは主君への忠誠を胸に、次々と自刃して果てました。まだわずか6歳の幼い一幡も、この戦火に巻き込まれて悲劇的な最期を遂げたと伝えられています。これにより、源頼朝の時代から幕府を支え、絶大なる権力を誇っていた名門・比企一族は、たった1日で完全に滅亡するという、凄惨な結末を迎えました。北条氏の武力がすべてを焼き尽くしたのです。
一族が滅亡した後、奇跡的に病から回復した2代将軍・源頼家は、最愛の妻子や比企一族が全員殺されたことを知り激怒しました。しかし、すでに幕府の実権は北条氏に完全に握られており、頼家は将軍の座を強制的に奪われ、伊豆の修禅寺へと幽閉された後に暗殺されてしまいます。この比企能員の変は、最大のライバルを排除した北条氏が幕府の最高権力者である「執権」として君臨し、独自の執権政治を確立していく歴史の決定的な転換点となったのです。
