1867年の大政奉還で江戸幕府は政治の権力を天皇に返しましたが、旧幕府軍はまだ強大な力を持っていました。これに不満を持つ薩摩藩や長州藩は、武力で旧幕府勢力を完全に潰そうと挑発します。そして1868年1月、京都の南にある鳥羽（とば）と伏見（ふしみ）で両軍が激突！これが戊辰戦争の最初の戦いとなる鳥羽・伏見の戦いです。兵の数は旧幕府軍の方が圧倒的に多かったのですが、新政府軍の最新兵器の前に苦戦を強いられました。
鳥羽・伏見の戦いの最中、新政府軍の陣地に天皇の軍隊であることを示す「錦の御旗（にしきのみはた）」が掲げられました。これを見た旧幕府軍は大パニック！「これに攻撃したら、天皇に逆らう朝敵（国賊）になってしまう！」と戦意を喪失してしまいます。さらに、旧幕府軍の総大将であったはずの徳川慶喜（とくがわよしのぶ）が、部下を見捨ててこっそり船で江戸へ逃げ帰ってしまったため、旧幕府軍は総崩れとなって敗北しました。
勢いに乗る新政府軍は、総大将の西郷隆盛（さいごうたかもり）を先頭に、約5万の大軍で江戸城へ迫りました。「このままでは江戸の町が火の海になる！」と焦った旧幕府側のリーダー・勝海舟（かつかいしゅう）は、西郷と直接会談を行います。二人は命懸けの話し合いの末、「江戸城を平和に引き渡す代わりに、徳川家を滅ぼさない」という約束を取り交わしました。これが歴史的な江戸城無血開城であり、数百万の江戸の庶民の命が救われました。
江戸城は平和に引き渡されましたが、それに納得しない旧幕府側のタカ派の武士たちは「彰義隊（しょうぎたい）」というグループを作り、上野の寛永寺（現在の東京都台東区）に立てこもって抵抗を続けました。しかし、新政府軍の天才的な軍略家である大村益次郎（おおむらますじろう）の指揮により、アームストロング砲などの最新の大砲で攻撃され、わずか1日で全滅してしまいます（上野戦争）。これにより、関東地方は完全に新政府軍の支配下に入りました。
新政府軍の怒りの矛先は、最後まで幕府に忠誠を誓っていた会津藩（福島県）に向けられました。会津藩を救うため、東北地方や新潟の藩が協力して「奥羽越列藩同盟（おううえつれっぱんどうめい）」を結成し、新政府軍に立ち向かいます。しかし、新政府軍の圧倒的な軍事力と、同盟側の足並みの乱れにより、激しい戦いの末に東北の藩は次々と降伏に追い込まれていきました。戦火はついに会津藩の中心部である鶴ヶ城へと迫ることになります。
会津戦争は戊辰戦争の中でも最も悲惨な戦いとなりました。会津藩は鶴ヶ城（若松城）に立てこもり、女性や子供まで武器を持って1ヶ月もの激しい籠城戦を繰り広げました。この戦いで有名なのが、10代の少年たちで結成された白虎隊（びゃっこたい）です。彼らは飯盛山から燃える町を見て「お城が燃えている、もう負けだ」と勘違いし、次々と自刃（切腹）してしまうという悲劇が起こりました。会津藩はボロボロになりながらついに降伏しました。
本州での戦いが新政府軍の勝利で終わっても、諦めない男たちがいました。旧幕府海軍トップだった榎本武揚（えのもとたけあき）や、新選組の副長・土方歳三（ひじかたとしぞう）らです。彼らは旧幕府の軍艦に乗って北海道へと渡り、「蝦夷地を切り開いて自分たちの新しい独立国を作ろう！」と決意しました。彼らは箱館（現在の函館市）にある星形の要塞・五稜郭（ごりょうかく）を占領し、新政府軍との最後の戦いの準備を進めます。
1869年春、雪解けを待って新政府軍の大軍勢が北海道へ上陸し、最後の戦いである箱館戦争（五稜郭の戦い）が始まりました。新政府軍は海と陸の両方から猛烈な攻撃を仕掛けます。旧幕府軍も必死に防戦しますが、最新の軍艦を失うなど戦力の差は圧倒的でした。次々と陣地を奪われ、箱館の町も制圧されてしまい、残された旧幕府軍は五稜郭の中に完全に包囲されてしまいました。追い詰められた彼らに、残された道は徹底抗戦か降伏かのみでした。
絶望的な状況の中、最後まで最前線で戦い続けていた新選組の鬼の副長・土方歳三が、馬の上で銃弾を浴びて壮絶な戦死を遂げます。精神的支柱を失った旧幕府軍はこれ以上の戦闘を断念し、1869年5月18日、総大将の榎本武揚がついに新政府軍に降伏しました。鳥羽・伏見の戦いから始まった約1年半にも及ぶ長くて血みどろの戊辰戦争は、五稜郭の明け渡しをもって、ついに完全に終結したのです。これで国内の武力による抵抗は消滅しました。
戊辰戦争での新政府軍の完全勝利により、日本を二分した内戦は終わり、天皇を中心とする新しい政府の権力が全国に確立しました。敗れた旧幕府軍の武士たちは厳しい処罰を受けましたが、のちに許されて新しい国づくりのために活躍した人もたくさんいます。江戸から「東京」へと名前を変え、年号も「明治」と改められた日本は、西洋の強い国々に負けない近代国家を目指して、新しい時代を駆け抜けていくことになります。歴史の最大の転換点でした。
