1051年から始まった「前九年の役（ぜんくねんのえき）」において、源頼義・義家親子を助けて大活躍したのが出羽国（秋田県）の豪族である清原氏でした。この戦いの勝利により、清原氏は滅亡した安倍氏の領地もそのまま引き継ぎ、陸奥国と出羽国という広大な東北地方全体を支配する絶対的な覇者となります。しかし、あまりにも巨大になりすぎた権力と領地は、やがて一族内部での骨肉の争いを引き起こす恐ろしい火種としてくすぶり始めていくのです。
東北の覇者となった清原氏ですが、一族の中でドロドロの跡継ぎ争いが勃発します。特に激しく対立したのが、藤原清衡（当時は清原清衡）と異父弟の清原家衡（きよはらのいえひら）でした。清衡はかつての敵である藤原経清の息子で清原氏の養子であり、家衡は清原氏の正統な血筋を引いているという非常に複雑な家庭環境だったのです。父親が違う二人の兄弟は領地をめぐって激しく憎み合い、東北地方を二分する巨大な内乱へと発展してしまいました。
この東北地方のピンチに、朝廷から陸奥守（東北のトップ）として派遣されてきたのが、かつて「前九年の役」で大活躍した武士のスーパーヒーロー・源義家（みなもとのよしいえ：八幡太郎）でした。圧倒的な武力とカリスマ性を持つ義家は、まず激化する兄弟喧嘩を仲裁し、清原氏の広大な領地を清衡と家衡の二人に半分ずつ平等に分けさせました。義家の強い権威によって、東北地方の争いはこれで一旦は平和に解決したかのように見えました。
しかし、平和は長くは続きませんでした。弟の家衡が「正統な血筋の俺が、なぜあんなよそ者（清衡）と領地が半分ずつなんだ！」と結果に激しく逆ギレしたのです。1086年、家衡は突如として軍勢を率いて兄・清衡の屋敷を襲撃し、逃げ遅れた清衡の妻子や一族を無残に皆殺しにしてしまいました。命からがら逃げ延びた清衡から助けを求められた源義家は、「私の決定を無視するとは許せん！」と激怒し、清衡の味方として戦争に介入することを決意します。
1086年、義家と清衡の連合軍は、家衡が立てこもる「沼柵（ぬまのさく：秋田県横手市）」を厳重に包囲しました。しかし、家衡の叔父である清原武衡（たけひら）も家衡側に加勢したため、敵の守りは鉄壁となります。さらに、東北特有の厳しい冬が早くも到来し、猛烈な吹雪と飢えが連合軍を容赦なく襲いました。あまりの寒さに凍死する兵士が続出し、無敵を誇った義家の軍勢は手も足も出ずにボロボロになって撤退するという、屈辱的な大敗北を喫してしまいます。
翌年の1087年、体勢を立て直した義家軍は、敵が新たに移動した難攻不落の「金沢柵（かねざわのさく：秋田県横手市）」へと進軍します。その道中、空を飛んでいた雁（かり：渡り鳥）の群れが、突然パニックを起こして列を乱しました。兵法をしっかり学んでいた源義家は「鳥が列を乱すのは、下の草むらに伏兵（隠れている敵）がいる証拠だ！」と一瞬で見破り、敵の奇襲を未然に防ぎました。義家の天才的な戦いのセンスを示す有名な「雁行の乱れ」の伝説です。
金沢柵に到着した義家は、力攻めでは大きな被害が出ると判断し、「兵糧攻め（食料を絶つ作戦）」へと戦術を切り替えました。城を完全に包囲して敵が飢えるのをじっと待ちます。やがて城内の食料が尽き、飢えに苦しむ女や子供たちが城から逃げ出してきましたが、義家は彼らを容赦なく城内へ追い返して食料の消費を早めるという冷酷な作戦をとりました。そしてついに限界を迎えた家衡・武衡の軍は崩壊し、金沢柵は陥落の時を迎えることになります。
落城の混乱の中、清原家衡と武衡は城から脱出しようと試みましたが、義家軍の兵士たちによってあっけなく捕らえられました。彼らは許されることなく、斬首（首斬り）の刑に処されます。武衡が「かつての縁を思い出し、どうか命だけは助けてほしい」と命乞いをしましたが、義家の怒りが収まることはありませんでした。こうして、かつて東北地方で絶対的な権力を誇った清原氏は完全に滅亡し、約5年にわたる後三年の役（ごさんねんのえき）は終結したのです。
戦争に勝った義家ですが、京都の朝廷から「あれは清原家の単なる兄弟喧嘩。お前が勝手に介入した私闘（個人的な喧嘩）だから、ご褒美（恩賞）は一切あげない！」と冷酷な宣告を受けてしまいます。これでは命がけで戦った部下たちが報われません。そこで源義家は、なんと自分の財産を切り崩して、部下たちにたっぷりとお給料を自腹で配ったのです。「義家様は一生ついていくべき最高の主君だ！」と、東国武士の源氏への忠誠心はこれによってマックスになりました。
この戦いで最終的な勝者となった清衡は、実の父親の名字である「藤原」に戻ることを決意します。これが、のちに東北地方で約100年にもわたって栄華を極める奥州藤原氏（おうしゅうふじわらし）の初代・藤原清衡（ふじわらのきよひら）の誕生です。彼は、前九年・後三年の役という長くて悲惨な戦争で亡くなった全ての人々を敵味方の区別なく供養するため、岩手県の平泉に豪華絢爛な中尊寺金色堂を建立し、平和な国づくりへの歴史の決定的な端緒を開いたのです。
