1274年の「文永の役」で日本に逃げ帰らされた形になった元の皇帝・フビライ・ハンは激怒しました。「あの小さな島国が、世界最強の俺たちに逆らうとは絶対に許さん！」と、すぐに2度目の日本侵略を計画します。しかし、南宋（中国南部）との戦争が忙しかったため、すぐには攻めてきませんでした。その間、フビライは何度も「今すぐ降伏しろ」と脅しの使者を送ってきましたが、鎌倉幕府はこれを断固として拒否し続けます。
鎌倉幕府のトップである執権・北条時宗（ほうじょうときむね）は、元の使者を斬り捨てて「絶対に降伏しない」という強い覚悟を示しました。そして「奴らは必ずまたやって来る！」と確信し、全国の武士たちに九州の警備（異国警固番役）を厳しく命じます。さらに、敵の船が博多湾に上陸できないように、海沿いに高さ約2メートル、長さ約20キロにも及ぶ巨大な石の壁（防塁）を急ピッチで建設させて次の戦いに備えたのです。
1281年、南宋を完全に滅ぼしてさらにパワーアップした元は、ついに2度目の日本侵略（弘安の役）を開始します。今回は、朝鮮半島から出発する「東路軍」と、中国大陸から出発する「江南軍」の2つのルートから合流して攻め込む大規模な作戦でした。その数はなんと約14万人、船の数は約4400隻！これは当時の世界規模で見ても史上最大級の恐ろしい大艦隊です。日本の武士たちは、かつてない絶体絶命の危機を迎えることになりました。
元の大軍は再び博多湾に押し寄せますが、ここで幕府が準備していた防塁（ぼうるい）が大活躍します！元軍が船から降りようとしても、海岸には巨大な石の壁がそびえ立ち、その上から日本の武士たちが容赦なく矢を射かけてきました。前回のように得意の集団戦法で暴れ回ろうにも、そもそも陸地に上がることができないのです。日本軍の鉄壁の防御により、元の大軍は海の上で何ヶ月も足止めを食らうという想定外の事態に陥りました。
陸に上がれない元軍に対し、日本の武士たちは夜の闇に紛れて小船で忍び寄り、敵の巨大な船に火を放ったり、斬り込んだったりする「ゲリラ戦」を仕掛けました。伊予国（愛媛県）の武将・河野通有（こうのみちあり）などは、敵の船に乗り込んで大将を生け捕りにするほどの大活躍を見せます。前回の戦いで元の戦い方を学習していた武士たちは、正々堂々とした一騎討ちのルールを捨てて、なりふり構わず死に物狂いで国を守り抜こうとしました。
海上でグダグダと2ヶ月近く足止めされていた元軍に、本当の悲劇が襲いかかります。夏の終わり、九州地方を猛烈な台風が直撃したのです！海の上にひしめき合っていた約4400隻の元軍の船は、強風と高波によって次々とぶつかり合い、バラバラに砕け散って海の底へ沈んでいきました。この奇跡的な大嵐を、当時の人々は「神様が日本を守ってくれた神風（かみかぜ）だ！」と呼び、日本中に歓喜の声が響き渡ることになります。
台風によって14万人の元軍はほぼ全滅し、日本は国を守ることに大成功しました。しかし、ここからが武士たちにとって本当の地獄の始まりでした。命がけで戦った武士たちは「これだけ頑張ったんだから、幕府からたっぷりと新しい土地（御恩）がもらえるぞ！」と胸を膨らませて期待します。ところが、今回はあくまで「外国を追い払っただけ」の防衛戦です。幕府の領地が増えたわけではないので、活躍した武士たちにあげる土地が全くなかったのです。
「ふざけるな！俺たちは武器も兵糧も自分のお金で用意して、借金までして戦ったのに！」ご褒美をもらえなかった武士たちの怒りと不満は、鎌倉幕府へと向けられました。将軍のために命を懸けて戦う代わりに、土地をもらうという御恩と奉公（ごおんとほうこう）の信頼関係が、この元寇をキッカケに完全に崩壊してしまったのです。世界最強の敵を倒したはずの鎌倉幕府は、皮肉にもここから滅亡への坂道を一気に転げ落ちていくことになります。
