戦国時代、親鸞が開いた浄土真宗（一向宗）は、農民から武士まで爆発的に信者を増やしていました。その本拠地であった京都の山科本願寺は、単なるお寺ではありません。周囲に高い土塁や深い堀を張り巡らせ、広大な寺内町（お寺を中心とした町）を持つ、まるで巨大な要塞（お城）のような姿をしていました。全国から莫大なお布施が集まり、当時の天皇や貴族でさえも無視できないほどの強大な経済力と軍事力（僧兵や信者の武力）を誇っていたのです。
当時、室町幕府の政治の実権をめぐって、管領（将軍の補佐役）の家柄である細川氏の内部で激しい権力闘争が起きていました。細川晴元（ほそかわはるもと）は、ライバルである細川高国や、かつての味方であった三好元長（みよしもとなが）を倒すため、恐るべき手段に出ます。なんと、強大な武力を持つ本願寺のトップ・証如（しょうにょ）に頼み込み、「仏敵を討て」という名目で信者たちに一向一揆（いっこういっき）を起こさせたのです。
晴元の要請を受けた本願寺の信者たちは、凄まじい勢いで蜂起しました。彼らは「阿弥陀如来の教えのためなら死んでも極楽浄土に行ける」と信じており、死を全く恐れない最強の軍団でした。この一向一揆の圧倒的な数の暴力により、晴元の最大の脅威であった三好元長は自害に追い込まれます。しかし、目的を達成した晴元にとって、今度はこの何万人という一向一揆の存在自体が、自分のコントロールを完全に超えた巨大な恐怖の対象へと変わってしまったのです。
三好元長を倒した後も、興奮状態の一向一揆の信者たちは暴走を止めず、京都や周辺の地域で略奪や打ちこわしを繰り返しました。「このままでは、自分が一向一揆に飲み込まれて幕府を乗っ取られてしまう」。激しい恐怖と危機感を抱いた細川晴元は、なんと昨日まで味方として利用していた本願寺の手のひらを返し、今度は一向一揆を武力で徹底的に弾圧し、排除しようと冷酷な決断を下します。戦国時代ならではの、非情な裏切りの連鎖でした。
一向一揆の暴走に対して、京都の町衆（有力な商人や市民）も立ち上がりました。彼らの多くは、浄土真宗とは教えが違う日蓮宗（法華宗）の熱心な信者でした。「一向宗の乱暴者たちから、自分たちの美しい京都の町と信仰を守り抜くぞ！」。町衆たちは武器を取り、独自の武装集団である法華一揆（ほっけいっき）を結成します。こうして、政治の権力闘争は、いつの間にか巨大な宗教勢力同士の血みどろの「宗教戦争」へと姿を変えていきました。
さらに、この混乱に乗じて近江国（滋賀県）の有力な守護大名・六角定頼（ろっかくさだより）も動き出します。定頼は、自分の領地のすぐ隣で山科本願寺が巨大な軍事要塞として独立国のように振る舞っていることを、以前から強く警戒していました。「本願寺を潰すなら今しかない」。定頼は細川晴元の呼びかけに応じ、自らの精鋭部隊を率いて京都へと進軍を開始します。本願寺を包囲するための巨大な包囲網が、着々と築かれていきました。
こうして、本来であれば決して手を結ぶことのない3つの勢力が集結しました。幕府の実権を握る武士のトップ・細川晴元、京都の町を守る武装市民・法華一揆、そして近江の大名・六角定頼です。「打倒・山科本願寺」というただ一つの目的のために、奇跡的な異例の連合軍が結成されました。彼らは数万の兵力に膨れ上がり、京都の東に位置する浄土真宗の巨大な総本山へと、怒涛の勢いで一斉に牙を剥いたのです。
1532年（天文元年）8月23日、細川・六角・法華一揆の連合軍は、ついに山科本願寺への総攻撃を開始しました（山科本願寺の戦い）。防衛する本願寺側も、深い堀や高い土塁を利用して必死の抵抗を試みますが、多勢に無勢でした。特に、法華一揆の町衆たちは「異端の宗教を許すな！」と狂信的な怒りを燃やして猛攻を仕掛け、六角軍の組織的な攻撃が城の防御を次々と打ち破っていきます。難攻不落を誇った巨大要塞も、ついに限界を迎えていました。
翌8月24日、ついに連合軍は山科本願寺の内部へと雪崩れ込み、各所に火を放ちました。豪華絢爛な阿弥陀堂や御影堂、そして周囲に栄えていた広大な寺内町は、あっという間に業火に包まれました。空を焦がす炎の中で、多くの僧侶や信者たちが命を落とし、浄土真宗が長年かけて築き上げた栄華の結晶は、わずか数日の戦闘で無惨にも灰燼（かいじん）に帰したのです。京都の東の空は、本願寺が燃える煙によって黒く染まったと記録されています。
山科本願寺の戦いにより、浄土真宗は本拠地を失うという歴史的な大打撃を受けました。しかし、トップである証如たちは間一髪で炎の中から脱出し、大坂（大阪府）の石山にあった小さな拠点へと逃げ延びます。彼らはそこで二度と負けない強固な要塞、石山本願寺（いしやまほんがんじ）を新たに築き上げ、見事に教団を復活させました。この敗北と大坂への移転が、やがて天下人・織田信長との10年にも及ぶ凄惨な「石山合戦」へと繋がる、歴史の決定的な端緒を開いたのです。
