1868年の「鳥羽・伏見の戦い」に敗れた旧幕府軍のトップ・徳川慶喜は、新政府に対して完全に降伏しました。しかし、京都の警備を担当し、最後まで幕府に忠誠を貫いていた会津藩（福島県）の藩主・松平容保（まつだいらかたもり）は、新政府軍の中心である長州藩から激しい恨みを買っていました。そのため、会津藩は天皇に刃を向ける「朝敵（国賊）」としてレッテルを貼られ、新政府軍から一方的な討伐命令を出されて絶体絶命のピンチに陥ります。
この状況を見かねたのが、東北地方の巨大な藩である仙台藩や米沢藩です。「会津藩は深く反省して何度も謝罪しているのだから、どうか寛大な処置で許してやってほしい」と、新政府軍に対して必死の嘆願を行いました。しかし、東北地方の鎮圧を任されていた新政府軍のリーダー・世良修蔵（せらしゅうぞう）は、武力で完全に叩き潰すことを主張します。彼は東北の武士たちの平和的な願いを「聞く耳を持たない」とばかりに、冷酷かつ横柄な態度で突っぱねたのです。
世良修蔵のあまりにも高圧的で傲慢な態度は、武士の誇りを重んじる東北の武士たちの怒りに火をつけました。さらに、世良が密かに「東北の藩はすべて敵だとみなして皆殺しにしろ」という手紙を書いていたことが発覚します。ついに堪忍袋の緒が切れた仙台藩士たちは、旅館に滞在していた世良を深夜に襲撃して暗殺してしまいました。新政府軍のリーダーを殺したことで、東北の藩は新政府に対して完全に後戻りできない反旗を翻す決意を固めたのです。
新政府軍の理不尽な攻撃から自分たちの故郷を守るため、東北地方の諸藩は団結の道を選びます。討伐の対象とされていた会津藩と庄内藩（山形県）を救うという名目のもと、陸奥国と出羽国（奥羽）の25藩の代表が白石城（宮城県）に集まりました。彼らは「薩摩や長州といった一部の藩が天皇を操って悪事を働いている。我々が力を合わせて彼らを討ち倒すのだ！」と固い誓いを交わし、強大な新政府軍に真っ向から立ち向かう巨大な軍事同盟を結成したのです。
さらに、この東北の同盟に、隣接する越後国（新潟県）の長岡藩など6藩も加わることになります。こうして1868年（慶応4年）5月、陸奥・出羽・越後の合計31藩による奥羽越列藩同盟（おううえつれっぱんどうめい）が正式に成立しました。参加した兵力は約5万人にも達し、日本の東半分が新政府に対抗する一つの「独立国家」のようにまとまった瞬間です。戊辰戦争は、一部の権力争いから日本を真っ二つに分ける巨大な内戦へと発展していきました。
彼らは「天皇に逆らう朝敵」というレッテルを避けるため、ある高貴な人物を同盟のトップ（盟主）として迎え入れました。それが、上野戦争を逃れて東北へやってきた天皇の親戚・輪王寺宮（りんのうじのみや）です。同盟側は彼を「東武皇帝」という新しい天皇として即位させ、西の明治新政府に対抗する「東の新しい政府」を作ろうとする壮大な構想を持っていたとも言われています。大義名分を得た同盟軍は、士気を高めて新政府軍との過酷な戦いへと突入します。
同盟軍の中で特に新政府軍を苦しめたのが、越後の長岡藩を率いた天才軍略家・河井継之助（かわいつぎのすけ）です。彼はアメリカ製の強力な連射兵器「ガトリング砲」などの最新兵器を密かに買い集めており、局地戦では新政府軍に大きなダメージを与えました。しかし、同盟軍全体の武器は旧式の火縄銃や刀などが中心であり、イギリスなどから最新兵器を大量に輸入し、近代的な訓練を受けていた新政府軍の圧倒的な火力の前に、次第に戦線を押し込まれていきます。
戦いが長期化し、新政府軍の怒涛の猛攻が始まると、巨大な同盟の弱点が露呈し始めます。実は同盟の中には、「周囲の藩に無理やり参加させられた」と内心不満を抱えている藩も少なくありませんでした。新政府軍の裏工作もあり、秋田県の久保田藩などが「これ以上戦っても勝ち目はない」と突如として新政府側に寝返ってしまいます。この裏切りにより同盟軍は仲間同士で戦うことになり、強固だったはずの結束は内部からガラガラと崩壊していきました。
内部崩壊と弾薬不足に陥った同盟軍は、もはや新政府軍の進撃を止めることができませんでした。同盟の中心であった米沢藩や仙台藩も、連日の激しい戦闘と圧倒的な物量の差の前に力尽き、1868年9月には次々と新政府軍に降伏を申し出ます。東北地方の誇りをかけて結成された31藩による奥羽越列藩同盟は、結成からわずか数ヶ月という短期間であっけなく瓦解してしまいました。残されたのは、絶望的な状況に追い込まれた会津藩ただ一つとなってしまったのです。
頼みの綱であった同盟が崩壊したことで、会津藩は完全に孤立無援となりました。そして、新政府軍の数万の大軍による怒涛の総攻撃が、ついに会津の中心地である鶴ヶ城（若松城）へと集中します。少年たちによる白虎隊（びゃっこたい）の悲劇で広く知られる凄惨な会津戦争へと突入していくのです。同盟の敗北は、東北地方が焼け野原となる悲惨な結末を決定づけ、日本の近代化への陣痛とも言える痛ましい内戦の激化をもたらす歴史の決定的な契機となりました。
