明治維新後の地方行政区画の制定において、旧幕府の直轄地の中でも特に重要な都市として他の「県」とは明確に区別され、「府」という特別な呼称を与えられた3つの行政区画です。
江戸幕府の崩壊後、江戸が東京と改称されたことに伴い設置されました。天皇の東幸によって事実上の首都となり、近代日本の政治、行政、経済の中心として急速に西洋化と近代都市化を進めました。その後、1943年（昭和18年）の東京都制施行により「東京都」となりました。
江戸時代からの「天下の台所」としての強固な経済的基盤を引き継ぎ、明治維新直後にいち早く府が設置されました。その後、「東洋のマンチェスター」と呼ばれるほど紡績などの近代繊維工業が発展し、日本経済を力強く牽引する巨大な商工業都市となりました。
明治維新によって天皇が東京へ移り（事実上の遷都）、深刻な衰退の危機に直面しましたが、他の県とは異なる歴史的重要性が考慮され府として存続しました。琵琶湖疏水の建設や日本初の市電開通など、積極的な近代化政策によってみごとに復興を遂げました。