1481年、関東地方を治めるために派遣された「堀越公方（ほりごえくぼう）」である足利政知の子（幼名：清晃）として、静岡県（伊豆）で誕生しました。のちに京都の天龍寺でお坊さんになりますが、そこで第8代将軍・足利義政の奥さんである日野富子（ひの とみこ）に保護され、彼女の強力なバックアップを受けるようになります。
1493年、幕府のサポート役（管領）である細川政元（ほそかわ まさもと）がクーデターを起こし、第10代将軍の足利義稙を京都から追放してしまいます（明応の政変）。日野富子の後押しもあり、お坊さんだった彼は武士の世界に戻り（還俗）、第11代征夷大将軍に大抜擢されました！
棚からぼた餅で将軍になった義澄ですが、政治の実権はクーデターの首謀者である細川政元に完全に握られていました。政元は将軍以上の権力を持っていたため「半将軍」と呼ばれたほどです。義澄は自分で政治を決めることができない、完全なるお飾りの「傀儡将軍（あやつりにんぎょう）」として過ごすことになります。
義澄が将軍になっている頃、地元である伊豆に残っていたお兄さん（茶々丸）が、伊勢宗瑞（のちの北条早雲）に討ち取られてしまうという大事件が起きます。しかし、義澄はこの宗瑞の行動を事実上OK（追認）してしまいました。これがキッカケとなり、関東地方は本格的な下克上の戦国時代へと突入していくことになります。
1507年、義澄の後ろ盾であった実力者・細川政元が、なんと自分のお風呂場で家臣に暗殺されてしまいます（永正の錯乱）！これにより細川家の中で激しい跡継ぎ争いが始まり、義澄は自分を守ってくれる強大な「盾」を突如として失ってしまいました。幕府内は一気に大パニックに陥ります。
細川家が大混乱しているスキを狙って、かつて追い出された前将軍の足利義稙が、西国の覇者・大内義興の強大な軍勢と共に京都へ向けて攻め上ってきました。「このままでは殺される！」と身の危険を感じた義澄は、慌てて京都を脱出し、近江国（滋賀県）の水茎岡山城（みずくきおかやまじょう）へと逃亡しました。
1508年、大軍とともに京都に入った義稙が、奇跡の「第10代将軍への復帰」を果たします。これに伴い、逃げ出した義澄は将軍の役職を剥奪（クビ）されてしまいました。それどころか、天皇や幕府に逆らう「朝敵（反乱軍）」という最悪のレッテルを貼られ、一転して追われる身となってしまったのです。
しかし、義澄は将軍の座を取り戻すことを諦めません！逃げ込んだ近江の守護である六角氏や、細川家の内紛で敗れた細川澄元たちとガッチリと手を結びます。そして、全国にいる「義稙が嫌いな大名たち」に向けて手紙（御教書）を送りまくり、京都を奪い返すための味方を必死に集め続けました。
1511年、義澄の呼びかけに応じた細川澄元や赤松義村らが大軍を率いて京都へ進軍を開始します！迎え撃つ義稙・大内義興の軍勢と、天下を二分する大決戦（船岡山合戦）を行うための準備が整いました。「今度こそ将軍の座を奪い返してやる！」と、義澄の陣営は打倒・義稙に向けて士気を極限まで高めていました。
ところが、大決戦（船岡山合戦）が始まるわずか数日前。なんと義澄は、近江の水茎岡山城にて突如として病に倒れ、31歳という若さで帰らぬ人となってしまいました。将軍復帰を目前にした無念すぎる死。「リーダー（義澄）のために戦うぞ！」と意気込んでいた味方の軍勢は完全にやる気（士気）を失ってしまい、船岡山で大敗を喫することになってしまったのです。
