1619年、京都で浪人の子として生まれます。水戸藩に仕えますが、わずか数年で辞めて再び浪人となり、極貧の中で儒学（朱子学）を独学で学びながら真の学問を追い求めました。
ある時、近江国（滋賀県）に中江藤樹という立派な学者がいると聞き、彼を訪ねて弟子入りを懇願します。藤樹から「知行合一（知識と行動は一致すべき）」を重んじる実践的な学問「陽明学」を学び、一番弟子として頭角を現しました。
彼の優秀な噂は備前岡山藩の名君・池田光政の耳に届き、大抜擢されて藩に仕えることになります。光政は蕃山の学識と人柄にすっかり惚れ込み、なんと彼を藩政改革のトップ（最高責任者）に据えました。
机上の空論を嫌う彼は「経世済民（世の中を治め、民を救う）」の精神で、大規模な治水工事や農業政策、飢饉対策などを次々と実行！その圧倒的な実務能力で岡山藩を全国トップクラスの豊かな藩へと成長させました。
教育にも力を入れ、武士だけでなく一般の庶民の子供たちも学べる「閑谷学校（しずたにがっこう）」の設立を主導しました。これは世界最古の庶民向け公立学校とも言われ、その理念は現在にも受け継がれています。
しかし、行動を重んじる「陽明学」は、体制維持を望む江戸幕府から「反逆の危険がある思想だ」と警戒されてしまいます。幕府の圧力を受けた光政に迷惑をかけまいと、蕃山は自ら岡山藩を去りました。
岡山を去った後も幕府からの監視や刺客の影に怯えることになり、名前を変えて京都や吉野の深い山中へ逃亡・潜伏する過酷な生活を送りました。それでも決して学問への情熱と世を憂う心を失うことはありませんでした。
晩年、幕府の政策（参勤交代の過剰な負担や森林伐採による環境破壊など）を痛烈に批判し、具体的な解決策を提示した政治改革の書『大学或問（だいがくわくもん）』を書き上げます。これは幕府への命懸けの挑戦状でした。
案の定、この『大学或問』が幕府（老中）の逆鱗に触れ、蕃山は「幕府の政治を批判する不届き者」として逮捕され、下総国の古河藩（茨城県）の城内に厳重に幽閉（軟禁）されてしまいます。
幽閉生活の中でも決して己の信念を曲げることなく、弟子たちに学問を教え続けながら、1691年に73歳でこの世を去りました。知識と行動を一致させ、人々のために命を懸けた、日本陽明学の真の体現者の熱き生涯でした。
