626年、第34代舒明天皇（じょめいてんのう）と、のちの第35代皇極天皇（こうぎょくてんのう）という、両親ともに天皇になるという超エリートの血筋に生まれました。幼い頃から頭脳明晰で、威厳のある青年に成長します。しかし、当時の政治の実権は天皇ではなく、強力な豪族である蘇我氏（蘇我蝦夷・蘇我入鹿の親子）に完全に握られていました。
蘇我入鹿は、自分に従わない有力な皇族である山背大兄王（やましろのおおえのおう：聖徳太子の子）を軍勢で囲んで自害に追い込むなど、天皇の権威を完全に無視した独裁的な政治を行っていました。「このままでは、日本は天皇の国ではなく、蘇我氏の国になってしまう！」と、若き中大兄皇子は激しい怒りと国の未来への強い危機感を抱きます。
蘇我氏を倒すための優秀なパートナーを探していた皇子は、ある日「蹴鞠（けまり）」のイベントに参加します。そこで蹴った靴がスポッと脱げて飛んでいってしまいました。その靴を拾い、うやうやしく差し出してくれたのが、のちの親友であり最高のブレーンとなる中臣鎌足（なかとみ の かまたり）でした！この運命的な出会いから、二人は秘密のクーデター計画を練り始めます。
645年、飛鳥板蓋宮（あすかいたぶきのみや）で儀式が行われている最中、ついに計画を実行します！皇子自らが剣を抜き、仲間たちと共に蘇我入鹿に斬りかかりました（乙巳の変）。母である皇極天皇の目の前での血みどろの暗殺劇でしたが、皇子は「入鹿は皇族を滅ぼし、国を乗っ取ろうとしていました！」と宣言。これを機に、蘇我氏の本流は滅亡しました。
蘇我氏を倒した後、新しい天皇（孝徳天皇）を立て、自らは「皇太子（次期天皇）」という立場で政治のトップに立ちました。そして、豪族が個別に持っていた土地や人々をすべて国のものにする「公地公民（こうちこうみん）」など、天皇を中心とした新しい国づくり（大化の改新）を次々と推し進めます。この時、日本で初めて「大化」という元号が使われました。
政治改革を進める中、660年に朝鮮半島の同盟国・百済が、巨大な唐（中国）と新羅の連合軍によって滅ぼされてしまいます。百済を復活させるため、皇子は数万人の大軍を海を越えて派遣しました。しかし663年、「白村江（はくすきのえ）の戦い」で日本の軍船はあっけなく燃やされ、歴史的な大惨敗を喫してしまいました！日本は未曾有の国家存亡の危機に立たされます。
「唐の軍隊が、今度は日本本土に攻めてくるかもしれない！」と恐怖した皇子は、急いで九州の防衛を固めます。太宰府を守るために巨大な堤防「水城（みずき）」や山城を築き、東国から集めた兵士「防人（さきもり）」を配置しました。さらに、海から攻められにくい内陸部の「近江大津宮（現在の滋賀県）」へと、強引に首都を移転させました。
白村江の戦いから5年後の668年、国難を乗り越えるために自らがトップに立つことを決意し、近江大津宮で正式に第38代「天智天皇（てんじてんのう）」として即位しました。クーデターから実に23年もの間、皇太子という立場で実権を握り続けていたため、これは満を持しての天皇就任でした。
天智天皇となって最大の功績の一つが、670年に作られた「庚午年籍（こうごねんじゃく）」です。これは、日本で初めて作られた全国的な「戸籍（人々の名前や家族構成のリスト）」です。税金をしっかりと集め、いざという時に兵士として徴用するためのもので、これにより「国家が直接人々を管理する」という強力な中央集権システムが完成へと近づきました。
671年、天皇は重い病に倒れます。自身の後継者として、優秀な弟の大海人皇子（おおあまのおうじ）ではなく、自分の息子である大友皇子（おおとものおうじ）を選んだことで、激しい後継者争いの火種を残してしまいました。672年に46歳で崩御すると、恐れていた通り、古代日本最大の内乱「壬申の乱」が勃発します。激動の時代を力強く牽引した、偉大なる古代の改革者の生涯でした。
